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高通量测序—基因组测序

微生物多样性测序

合作交流

基于illumina 测序平台,微生物多样性测序(又称扩增子测序)是指对16S rDNA/18S rDNA/ITS/功能基因等特定区段PCR产物进行高通量测序,突破传统微生物不可培养的缺点,获得环境样本中的微生物群落结构、进化关系以及微生物与环境相关性等信息。

实验流程


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应用方向

生物领域各个研究方面,如:

▶ 农林领域:抗逆胁迫机制,生长发育机制,育种保护研究等;

▶ 畜牧业:肉类及乳品质研究,致病机理研究等;

▶ 基础医学、临床诊断:生物标志物,疾病机理机制,疾病分型,个性化治疗等;

▶ 生物医药:药物作用机理,药效评价,药物开发等;

▶ 生物能源、环境科学领域:发酵过程优化,生物燃料生产,环境危定风险评估研究等;

数据分析

分析内容解决问题
OUT聚类及物种注释各样本的OUT聚类和注释结果
物种组成分析各样本/分组在门、纲、目、科、属分类水平上的组成信息
进化分析研究物种的系统进化关系
样品复杂度分析(Alpha多样性分析)分析各样品内微生物群落的多样性
样本比较分析(Beta多样性分析)分析各样本间的差异
组间群落结构差异分析分析组间微生物群落结构的差异是否显著
组间物种差异分析寻找组间具有显著差异的物种

技术优势

▶ 样本类型广泛:粪便、内容物、土壤、水体、淤泥、发酵物等样本

▶ 灵活:多种测序策略可满足16S/18S/ITS不同高变区域的研究需求

▶ 鉴定到“种”,准确性高:菌群多样性鉴定精细到“种”,分类更明确;从碱基保守水平测定,真实反映物种情况

▶ 平台优,数据质量高:基于优质的Illumina测序平台,数据质量高,Q30>85%;

▶ 质控严格:严格的质控管理,确保每一个环节都出色完成

▶ 分析内容丰富:可选择与宏基因组、宏蛋白组、代谢组联合分析,分析内容更丰富。

参考文献

1.

Gut bacterial diversity of the tribes of India and comparison with the worldwide data. Scientific Report 2016, IF=5.228

16S rDNA扩增子测序,研究不同部落印度人肠道微生物的多样性

2.

Combined Signature of the Fecal Microbiome and Metabolome in Patients with Gout. Frontiers in Microbiology 2017,IF=4.076

16S rDNA扩增子测序+代谢组─挖掘痛风患者菌群-代谢相互之间的作用关系

3.

Dysbiotic gut microbiota causes transmissible Crohn’s disease-like ileitis independent of failure in antimicrobial defence. Gut 2016, IF=14.921

16S rDNA扩增子测序+宏蛋白组学,肠道微生物在慢性回肠炎疾病进展中的作用机制

4.

The Dynamics of the Human Infant Gut Microbiome in Development and in Progression toward Type 1 Diabetes. Cell Host & Microbe 2015,IF=12.552

16S rDNA扩增子测序+宏基因组+代谢组─研究婴儿肠道微生物在Ⅰ型糖尿病发病过程中的动态变化

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