技术服务

技术服务

Market Dynamics

市场动态

最新高分文章套路 | 强强联合(脂质组+DIA),IF>10

2019-06-18

脂质组学技术 

相比其他组学技术,脂质组学技术发展较晚,新颖性高,仅仅只是纯数据分析也可以发表在不错的期刊上。如果希望研究得更高深入,可以往下游脂质功能或者往上游的蛋白或基因出发研究脂代谢调控机制。

【纯组学数据分析发文】

PNAS | 脂质组学揭示病毒感染引起的脂代谢异常及潜在治疗靶点

【代谢专栏】脂质组学研究心脏肥大靶标发表在Cell Reports上

“脂”指高峰 | 影响因子13.3分轻轻松松


 DIA技术 

新一代、革命性的蛋白质组技术DIA,相比传统的蛋白质组技术(shotgun,Label free、iTRAQ或TMT等)以及4D 蛋白质组学,具有覆盖度高、重现性高、定量准确性高(可以达到与MRM/PRM相近的水平)等优势,被美国癌症登月计划、瑞士苏黎世癌症地图计划、澳大利亚ProCan项目等国家级精准医疗项目采用,并且在出现在越来越多的高水平研究中。

【解读推荐】

Less is more:DIA技术,2table+1figure,得一篇12分的Molecular Psychiatry文章

站在巨人的肩膀上看世界:DIA技术最新应用速递

重磅!!心血管顶级期刊:解析粥样硬化密码 ——蛋白质组+高级生信分析的正确打开方式

最新Nature Biotechnology:实验结果无法重复?原因可能在这里!

脂质组+ DIA强强联合,会擦出什么样的火花呢。今天跟小编一起来看一篇最新发表在Biological Psychiatry IF= 11.982的文章吧!这篇文章利用脂质组+DIA揭示了精神病经历患者的早期脂代谢特征及与相关蛋白的相互作用关系。

Integrated Lipidomics and Proteomics Point to Early Blood-Based Changes in Childhood Preceding Later Development of Psychotic Experiences: Evidence From the Avon Longitudinal Study of Parents and Children

2019 Biological Psychiatry  IF= 11.982

研究材料:115名参与者12岁时的血浆样本

技术:脂质组+蛋白DIA

精神疾病(包括精神疾病和情感疾病)的早期诊断和治疗可以显著改善他们的临床结果。过去15年的研究表明,一般人群中8%到17%的儿童和青少年、7%的成年人有精神病经历,其中早期存在亚临床症状的个体有更高患精神病或其他疾病的风险。对精神疾病的生物特征识别有助于这些疾病的病理生理学研究,以及筛选具有早期检测和诊断潜力的生物标志物。

1.>>>研究队列<<<

通过多年的随访,本次研究选择了115名参与者,其中实验组PEs 48名(12岁时无精神病经历,而在18岁时有确切的精神病经历),对照组Control 67名(12岁时无精神病经历,而在18岁时有有确切的精神病经历)。两组在性别、BMI以及社会地位上无明显差异。与对照组相比,PEs组有9例达到抑郁标准,正常对照组无一例。

1

2.>>>脂质组学分析结果<<<

对115名参与者12岁时的血浆样本进行脂质组学分析,一共检测到61种PC脂质分子和11种LPC脂质分子。通过单变量统计分析,一共筛选到34种脂质分子。FDR校正后,16种脂质分子仍然在PEs组含量上调。比较有趣的是,单变量分析与多变量分析的结果具有一致性。

2

3.>>>蛋白组分析结果<<<

前期的研究结果表明精神障碍症患者儿童时期凝血途径异常,因此此次研究对115名参与者12岁时的血浆样本,采用DIA技术检测凝血途径中的22个蛋白。通过单变量统计分析,一共筛选到3种凝血蛋白。FDR校正后,只有1种蛋白(PLG)仍然在PEs组含量上调。

4.>>>脂质组+蛋白组<<<

凝血和补体途径蛋白在功能上密切相关。由于这个原因,作者将能够获取的补体途径中的蛋白也纳入了联合分析。相关性分析结果表明17种脂质分子与6种蛋白正相关,其中凝血途径的PLG,heparin cofactor 2以及补体途径中的vitronectin具有很强的相关性。

4

5

5.>>>聚类分析<<<

为了进一步识别人群队列中潜在的相似代谢,基于KODAMA值进行partition around medoids clustering分析,鉴定到4个cluster(A,B,C,D)。

比较有意思的是,不同cluster的PEs的发生具有显著差异,分别是Cluster A:71%,Cluster B:42%,Cluster C:29%,Cluster D:19%,其中cluster D发生PE的可能性最高。

6


 结论 

通过脂质组和蛋白组实验,研究发现12种PCs,4种LPCs以及凝血途径的PLG在对照组和PEs组具有显著变化,且大多数脂质分子与PLG具有很强的相关性。无监督的聚类分析发现cluster D发生PE的可能性最高。这篇文章揭示了代谢失调可能会引起PEs的早期易感性,并提示这些PCs、LPCs、凝血和补体蛋白之间的相互作用。

小编心得

1.DIA定量准确性接近PRM,可用于靶向检测

相比传统的DDA,DIA新技术覆盖度高、重现性高、定量准确性高,可以达到与MRM/PRM相近的水平。正因如此,在这篇文章中采用的是DIA技术针对22个蛋白进行目标性检测。

中科新生命

2.脂质组学研究难点

●与常规代谢组一样,脂质组学也需要重点考察实验过程中的稳定性和重现性。全面、客观反映数据质量好坏的评价体系至关重要。

●与常规代谢组不同的是:脂质的理化性质比较特殊,其粘附性高,容易出现分离度不理想,色谱峰形差等问题,其对色谱的分离能力要求更高。不理想的色谱分离效果,会导致各种脂质峰之间无法区分,影响质谱的采集效率;而较差的色谱峰形,将影响定量结果的准确性。理想的分离效果是色谱峰在整个洗脱时间段内分布均匀,且峰形对称、尖锐。

7

良好的色谱分离效果

8

糟糕的色谱分离效果

中科新生命是最早提供代谢组学服务的平台之一,具备中国计量认证(CMA)、iso9001质量管理体系认证等资质。中科新生命脂质组学技术平台建立在LC-MS/MS上,采用包含170万种脂质分子的商业化LipidSearch数据库以及优化的色谱体系,除了提供脂质组相对定量,绝对定量外,还提供一站式的脂质验证服务和多组学联合服务。

9

推荐文章

合作交流

请填写您的需求表格,我们会安排专业的工作人员与您联系!

*

*

*

*

*